Die Ursache der Endometriose ist trotz grosser Forschungsanstrengungen bis heute nicht genau bekannt. Es gibt jedoch verschiedene Theorien zur Entstehung der Krankheit.

Bei der Transplantationstheorie (Theorie der retrograden Menstruation) geht man davon aus, dass während der Periode ein Teil des Menstruationsblutes über die Eileiter in den Bauchraum fliesst. Dabei werden Gebärmutterschleimhautzellen verschleppt und siedeln sich an anderen Stellen wieder an. Allerdings gelangt bei den meisten Frauen während der Menstruation Blut durch die Eileiter in die Bauchhöhle, nur in Ausnahmefällen führt dies zu Endometriose.

Der Metaplasietheorie zufolge entstehen Endometrioseherde aus Zellen, welche während der Entwicklung im Mutterleib an verschiedenen Stellen im Körper angelegt wurden und sich im Erwachsenenalter zu Endometriosegewebe umwandeln.

Es wird davon ausgegangen, dass auch das Immunsystem und genetische Faktoren einen Einfluss auf die Entwicklung von Endometriose haben können.